Церковь Иоанна Богослова бывшего Костельникова монастыря расположена на Запсковье на старом Иоанно-Богословском кладбище на Мишариной Горе, у подножья которой протекает речка Милявица, впадающая в р.Пскову неподалеку у Гремячей Горы. В настоящее время композицию памятника составляет четверик на подклете, обстроенный с южной стороны приделом и палаткой под ним, с западной - притвором и колокольней над крыльцом ХVII в. С северной стороны первоначальное деревянное крыльцо не сохранилось. От палатки середины XIX века сохранились лишь фундаменты. Подклет храма значительно заглублен по отношению к уровню окружающей поверхности кладбища. В настоящее время это заглубление до 3,5 м. Подклет основного объема храма - четверика - четырехстолпный, трехапсидный. 4 столпа по нефам перекрыты полуцилиндрическими сводами, перекинутыми со столпа на столп в средней части интерьера и со столпов на примыкащие стены в углах интерьера. Вход в подклет четверика с южной стороны под придельной церковью, где размещается сход в два марша с площадкой между ними. Перекрыт сход полуциркульными понижающимися в сторону подклета четверика арками. На нижней площадке схода рядом со входом в подклет основного четверика расположен вход в сохранившийся подклет древней маленькой придельной церковки, сложенной "вперевязь" с основным четвериком. Основной объем храма расположен высоко над землей. Ныне существующая отметка земли от пола интерьера храма 2.00 м. В настоящее время интерьер безстолпный. Перекрытие - деревянный накат из бревен 22-24 см , оформлено в виде зеркального свода, падуги которого устроены посредством кружал с обшивкой. Свод был оштукатурен, на накат поставлена рубленая конструкция, переходящая выше в глухой обшитый железом барабан с главою. В результате исследований были обнаружены основания столбов в интерьере храма и пяты соединений их со стенами, а так же были обнаружены сохранившиеся люнеты с тремя рядами голосников, образованные сводами планового креста. Декор фасадов четверика обычный для псковских памятников этого периода. Стены храма обработаны лопатками, образующими прясла стен, завершенных под кровлей полукружиями 2-х-З-частного деления. Выступающие из плоскости фасадов лопатки в плане отвечают стенам и столбам четверика, т.е. внутренней планировке храма. Пояски характерного псковского орнамента сохранились на 3-х апсидах четверика. Алтарная апсида под орнаментом имеет валиковые разводы. Характерной особенностью храма является крест из валика, очерченный вокруг центрального, повышенного щелевидного оконного проема алтарной апсиды. Ныне существующий притвор церкви имеет трехчастное деление в плане. Средняя часть его, бывшая паперть ХVII в. перекрыта коробовым сводом по оси восток-запад. Южная его часть перекрыта так же. Северная разрушена. Существующий придел перекрыт полуцилиндрическим сводом с распалубками над оконными и дверными проемами. Пяты свода стянуты 2-мя металлическими связями. Алтарь придела также перекрыт сводом с распалубками над оконными проемами и нишами. Крыльцо на столбах дошло до нашего времени значительно видоизмененным. Арки заложены, за исключением западной, соединенной со вновь пристроенным притвором конца XIX в. Крыльцо перекрыто сводами-арками, взаимно повышающимися к четверику. Каменные ступени по ползучему своду сохранились лишь под северной стеной, встроенной над средней частью крыльца колокольни. Остальная часть свода разобрана. Кровли над четвериком, притвором, приделом, колокольней - металлические, вновь устроенные. Колокольня круглая шестипролетная, перекрытая сомкнутым сводом с металлическими связями. Завершение колокольни, относящееся к XIX в., не сохранилось в натуре. В обмерах 1970г. это-8-гранная призма, завершенная шпилем с крестом.