Впервые в летописях Ильинский монастырь упоминается под 1465г. в связи с пожаром на Запсковье: - ".,. В лето 6973… Того же лета бысть пожар на Запсковьи, месяца мая в 16 день, в понедельник, погоре дворов много и монастырь и церковь святого Ильи…" В псковских писцовых и оброчных книгах 1585-1587 г.г. монастырь упоминается неоднократно и называется: "...Ильи пророка Мокрово девича монастыря з Запсковья…" или - "...Ильинский девич монастырь з Запсковья." В ряде документов XVIIв. опять упоминается Ильинский монастырь. Но какой была в это время церковь Ильинская, пока не известно. На северной стене южного придела церкви сохранилась до наших дней надгробная плита ( где раньше была усыпальница игуменьи монастыря Феодоры), сообщающая о смерти игумений Феодоры в 1677 г. и об основании в том же году каменной церкви во имя пророка Илии по ее повелению, которая- "… и зделана з землею наровне при ее бытии..." Эта надпись /сделанная вязью/ пока единственный материал для датировки начала строительства каменной церкви. Первое известное нам описание Ильинского девичьего монастыря и церкви относится к 1763г. Церковь в это время была каменной с приделом во имя Богородицы Тихвинской, двухпрестольная /придельная церковь теплая/. По обеим сторонам церквей имелись две палатки каменные. Крыта тесом, под церковью находилось шесть погребов каменных "... все в одном портаменте..." Все остальные монастырские постройки деревянные - "две настоятельских келии с сеньми на подклетах и чуланами и двором, сараи, с сеном, три житницы, одиннадцать монашеских келий с сеньми и чуланами." Монастырь был обнесен деревянной оградой с двумя въездными воротами, при которых находились караульные избы. По древним установлениям келии настоятельницы с двором и сараями строились и починялись крестьянами /кирпич, железо и стекло покупались из монастырской казны/, а монашеские келии строились и починялись самими монахинями из получаемого ими от монастырской казны жалованья. В монастыре в это время находилось 8 монашествующих, все постриженные… "рукоделия прясть и простое точиво ткать дознают…" Монастырь упразднен в 1764г., а церковь Ильи Пророка обращена в приходскую. С 1786г. она приписана к Козьмодамианской с Примостья. С начала XIX в, в клировых ведомостях начинает упоминаться колокольня, а сама церковь вплоть до конца XIX в. описывается, каменной, твердой с двумя престолами. В 1868г, по Указу Синода церковь вновь сделана самостоятельной, а в 1873г., за неимением средств, вновь приписана к Козьмодамианской церкви и в 1899г. снова сделана самостоятельной с содержанием от общин. После Великой Отечественной войны и по настоящее время церковь приспособлена для складского помещения. В 1888г. в главной церкви, в притворе и усыпальнице игуменьи Феодоры выбраны плитяные полы и заменены досчатыми. Из притвора в усыпальницу проделана входная дверь, а в стене окно с железною решеткою. В 1890г. открытая входная лестница превращена в закрытую: сделаны боковые каменные стены с круглыми оконцами и тремя дверьми на нижней площадке. В 1893г. расписаны арки и устроены железные печи. В 1948г.- восстановление местами кладки и в последующие годы проводился текущий ремонт.