Первое упоминание о Варваринском монастыре найдены в "Новых псковских грамотах ХIV-ХVвв.", а именно : выписка из духовной посадника Федора на землю и воду в Лисьях, завещание монастырю св. Варвары. Упоминается строительница " старица Агафья с сестры". Имеется также точная дата, указывающая о существовании памятника -1531г. В псковских летописях читаем: " Лето 7069 ... того же лета погоре от Пскова за Петровские вороты от Михайловского схода до ямского двора, и монастыри погоре и церкви Иоанна Милостивого и мученицы варвары..." Церковь, дошедшая до нас построена в 1618 г. В начале ХХв. памятник перстраивался и получил над трапезной колокольню квадратную в плане с шатровым покрытием и крыльцо с двухскатной кровлей. При частичной реставрации в 1946г. и то и другое было разобрано как явно поздние и уродующие памятник переделки. В годы войны 1941-45гг. в трапезной и четверике были растесаны волоковые окна. Все здание за время существования утратило 3-4 сгнивших нижних венца.