Церковь Петра и Павла с Буя сооружена в 1504 г. на месте кончанского храма 1373 г. в Среднем городе Пскова в Боловинском конце, о чем повествуют летописи: "В лето 7048…того же лета совершиша 4 церкви камены: св.апостол Петра и Павла в Старом Застенье". Небывалый по своей величине и принесенным бедствиям пожар Пскова 1552 г. миновал, в числе немногих, церковь Петра и Павла с Буя. Последнее упоминание о ней в летописи связано с пожаром в Пскове в период восстания 1609 г.: "Того же году много смуты было и кровопролитие по правде и понеправде… и у Петра и Павла на Бую палату полну насажали всяких людей". Буй, буевище - кладбище - ориентир не случаен. Возможно, он отражает существование рядом древнерусского курганного кладбища. Ю.П.Спегальский считает, что ныне существующий храм представляет собой остатки постройки 1540 г. Историк архитектуры и искусствовед Вл.В.Седов доказывает верность этой датировки, анализируя древние псковские памятники в своих исследованиях. Архитектор-реставратор В.А.Лебедева, основываясь на материалах своих исследований памятника 1960-х годов, утверждает, что основа четверика относится к 1373 г. Во время Ливонской войны и последующей разрухи храм пришел в упадок. К началу XVII века он сильно обветшал. Старые клировые ведомости сообщают, что в 1610 году были капитально отремонтированы его стены, своды, иконостас, кровля и глава. В 1713 г. его приводили в порядок "приходский человек Петровской сотни" Семен Русинов со старостами Герасимовым и Бобыниным. Ю.П.Спегальский предполагает, что "тогда была сделана глава с кровлей из железа, украшенного выбитым на нем рельефным орнаментом, и исполненный совершенно еще в духе XVII века железный (некогда позолоченный) крест. В клировых ведомостях значится, что в 1802 г. церковь еще была покрыта тесом; по Годовикову- в 1810 г. упала звонница, разрушив своды Знаменского придела. Из клировых ведомостей известно, что в 1810 г. был разобран по ветхости южный придел и вместо него через дорогу на месте бывшей церкви Бориса и Глеба построена новая церковь Казанской иконы Божией матери с каменной колокольней. В 1819 г. церковь "была возобновлена". Как считает В.А.Лебедева, смена 8-скатного покрытия на 4-скатное скорее всего произошла в 1819 г., т.к. этому предшествует заметка в Объездных журналах Благочинного от 1817 г. о срочных мерах по замене обветшавшего тесового покрытия на новое, скорее всего, железное. Тогда же под новой железной 4-скатной крышей были скрыты основания барабанов и звонницы 1540 г. Найденная в 1962 г. при расчистке чердачных карманов керамика - остатки храмозданного пояса, валиков, вставок в аркатурный пояс барабана - была датирована археологом Г.П.Гроздиловым первой половиной ХVI в. В 1848 г. тесовые кровли на притворе и паперти были заменены железными. В 1853 г. вся церковь была оштукатурена и под крышей ее сделан деревянный карниз. В 1861 г. были оштукатурены внутри притвор и паперть, "устроена при входе" из притвора в ЦЕРКОВЬ вместо ДВЕРЕЙ арка и выложена в притворе вновь стена. В 1868 г. - "настлан был деревянный пол вместо прежнего плитного и поновлен иконостас". В 1870 г. храм оштукатурен извне, а в 1873 г. - внутри. В 1879 г. - в церкви был поднят помост на 1.5 аршин (ок.1 м), а также поновлена стена с внешней и внутренней стороны. В 1884 г. в арке, ведущей из притвора в храм, "кроме железной двери устроена со стеклами дверь". В 1885 г. - вместо деревянного устроен мозаичный пол. В 1888 г. - внутри храма стены протерты, поновлены и окрашены, а в куполе поновлена живопись. В 1870 г. - произведен ремонт храма снаружи, а именно прежняя краска стен отскоблена, штукатурка, где нужно, отбита и вновь заделана, вычинена и перетерта. Храм окрашен клеевой краской, а карнизы паперти и дощатая ограда с южной стороны церкви масляной краской. В 1898 г. - глава, вся крыша, водосточные трубы окрашены медянкою. Железные оконные решетки и деревянные карнизы под крышею храма окрашены белой масляной краской. Кроме того, бывшие с давних пор обломанными, концы креста на главе храма - верхний и северный - вновь сделаны. Крест и яблоко над ним, увеличенное в объёме, позлащены. 1900 г. - установлены решетки на паперти. В 1820-30 гг. церковь была закрыта и использовалась как складское помещение. Во время оккупации Пскова (1941-1944 гг.) здание не пострадало. Первоначальный образ храма значительно искажен. Утрачены: 7-метровая по ширине трехстолпная двухпролетная звонница, возвышавшаяся над южной стеной четверика, два глухих барабана с главками, покрытыми светлозеленой керамической чешуей; керамический пояс на барабане с храмозданной надписью, обрамленные сверху и снизу керамическими валиками зеленой поливы и такие же вставки в аркатурном завершении барабана, покрытие главы начала XIX века из листов белого железа размером 0,4 х 0.4 с чеканным орнаментом. В 1810 г. было сломано два придела: южный Знаменский и "верхний" северо-западный - во имя Апостола Фомы. Тогда же пристроено крыльцо перед западным притвором. В XIX в. почти все старые окна и двери расширены, заново пробиты большие окна, растесаны оконные проемы апсид. Внутри храм покрыт новой штукатуркой, окрашенной в серый цвет, стены расписаны малярной росписью. Утрачена первоначальная крыша храма.