Церковь Богоявления с Запсковья стоит на правом берегу реки Псковы. Это четырехстолпный крестовокупольный трехапсидный храм с основными конструкциями - повышенными подпружными арками. С севера к основному кубическому объему четверика примыкает придельная бесстолпная церковь, перекрытая двумя коробовыми сводами со взаимоперпендикулярными ступенчатыми арками между ними. С севера, запада и юга к четверику примыкают галереи с притворами, перекрытыми коробовыми сводами с распалубками (древняя южная придельная церковь с притвором, симметричным северному, была разобрана при сооружении новой южной придельной церкви в XIX в.). К северо-западному углу притвора примыкает прямоугольная в плане пятистолпная звонница. Декор фасадов четверика и придельной церкви предельно скромен (традиционен для псковских церквей XV-XVI вв.) Фасады делятся лопатками на 3 части, соединенными вверху двух и трехлопастными ползучими арочками. Барабан четверика имеет аркатурный карниз и под ним геометрический орнамент, состоящий из прямоугольных впадинок поребрика и треугольного бегунца. Над оконными щелевыми проемами барабана - фронтончатые сандрики. Апсиды четверика и северной придельной церкви имеют аналогичный геометрический орнамент и валиковые разводы. Основной строительный материал четверика, придельной церкви, притвора и галерей - известняковая плита. Церковь обмазана и побелена. Основные габариты четверика: ширина - 15 м., длина - 20 м., высота с главой и барабаном - 21 м. Ширина четверика с приделом и галереями - 30 м., длина с галереей, придельной церковью и звонницей - 40 м. Высота звонницы - 20 м.