Первое упроминание о построении церкви в псковских летописях имеется под 1398 г. "...В лето 6906...поставлена бысть церковь камена Святое Богоявление..." Под 1433 г. говорится о построении нового притвора. В 1458 г. был большой пожар в Пскове: - "...погоре все Запсковье от церкви Святого Богоявления и до монастыря святого Воскресения..." Под 1495 г. в летописях говорится о новом строительстве церкви:...В лето 7004 совершиша церковь каменну Богоявление на Запсковье..." Эта дата и считается датой сооружения существующей ныне Богоявленской церкви. Она была одной из крупнейших кончанских церквей древнего Пскова. Только к концу XVI в. церковь несколько обеднела и два ее придела в это время, как отмечают документы, "стояли без пения". В течение XVI-XVII вв и первой половины XVIII в. она неоднократно упоминанется в разных источниках. Иногда называется "Богоявление господне с Запсковья у нового моста". Первое известное нам описание церкви относится к 1763 г., когда по указу святейшего синода производилась опись церквей и их вотчин. В это время церковь Богоявления имела два придела во имя усекновения главы Иоанна Предтечи, другой Трех Святителей: Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна златоуста. К церкви была пристроена каменная "палатка", состоящая из двух помещений; над палаткою сооружена каменная колокольня. Кровли были сделаны из теса и "драни". При церкви находился казенный двор, обнесенный деервянным забором с двумя въездными воротами. В нем находились хозяйственные помещения и сторожевая изба. Рядом был фруктовый сад, обнесенный стоячим тыном. По штатам 1764 г. Богоявленская церковь положена с окладным жалованьем. 1823 г. Церковь Богоявления:..."В придельной к Богоявленской во имя усекновения главы Иоанна Крестителя церкви своды очень расселись и ...угрожают падением, полагать надобно от тяжести шеи и главы находящейся на ней, которые очеь велики и сделаны из плиты..." Эти сведения, взятые из клировых ведомостей, говорят о том, что южный придел (Предтечеснкая церковь) к середине XIX в., был заменен новым, остатки стен последнего сохранились и по наши дни. Другая клировая ведомость отмечает, что в 1900 г. "зданием церковь тверда, по всем своим частям за исключением колокольни, которая по местам в верхних своих частях дала глубокие трещины..." Видимо в эти годы был сооружен контрофорс на всю ширину западного фасада звонницы, примерно до половины ее высоты. Ю.П.Спегальский относит к концу XVII в. расширение некоторых оконных проемов (апсид, северной паперти, а также реконтсрукцию восьмискатной кровли. Эти переделки могли быть осуществлены в более ранние или позднее время, ибо никаких документальных подтверждений пока не найдено; четырехскатные кровли на церквях Пскова, судя по иконографическому материалу, существовали уже в XVI в. Во время Великой Отечественной войны церковь Боогоявления с Запсоквья была значительно повреждена. Материалы комиссии по итогам расследования злодеяний, совершенных немецко-фашистсскими захватчиками, отмечали: "Разрушены западные пристройки с лестницей (сооружения XVIII-XIX вв.), уничтожена крыша и все деревянные части здания. В приделах храма и под звонницей устреоны конюшня, погиб резной иконостас с иконами. Южные притвор и придеьная церковь, перестроенные в первой четверти XIX в. с плоскими деревянными перекрытиями, пострадали более всего.