Церковь Николы построена в ХVII в. /до 1682г./, датируется по архитектурное формам, основная конструкциям и архивным материалам. Точной даты построения церкви и основания монастыря - нет. В материалах Псково-Печерского монастыря Никольский городищенский монастырь значится приписанным к Печерскому монастырю в 1584 г. Первое, известное нам, описание монастырских построек относится к 1682г., где описывается что построено после пожара вновь, так как "- а старое в пожар погорело ..." В это время церковь Николы была каменной, крыта тесом, притвор деревянный, рублен из бревен, крыт тесом же, "...перед церковью под кровлей на брусу три колокола малых..." Из других монастырских построек указаны три келии, две конюшни, две житницы, да погреб каменны - невелик". Монастырь был обнесен забором со "святыми" дощатыми воротами. Близ монастыря, на реке Бдехе на броду стояла монастырская мельница. А в самом городе Изборске у монастыря был приезжий двор, в нем две избы, под одной погреб каменный, да две житницы. К.К.Романов считал, что церковь "... древняя по основанию, была перестроена в своей верхней части, включающей своды в XVIII в, на что определенно указывают формы сводов и обработка верхних частей стен церкви у а также барабана и главы… к тому же времени относится несомненно, судя по кладке, постановке над новым притвором и обработке, и звонница в ее нижней части... столбы же верхнего яруса, судя по их характеру, сделаны позже нижнего...." Документальных материалов о перестройке церкви в ХVШ в. пока не обнаружено. По клировым ведомостям XIX в. значительных перестроек церкви по сравнению с ее описанием 1764 г. не производилось, за исключением кровли и главы, которая значится в это время деревянной, обитой листовым железом.